微波杀菌设备采用微波杀菌，利用电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。微波对细菌的热效应，是让蛋白质变化，让细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应，是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，改变细胞膜的通透性能，使细菌营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱。