中草药微波干燥设备的微波只能被极性分子吸收，遇到金属物体会像可见光遇到镜子一样被反射，且普通金属在微波作用下产生表面涡流，并引起打火现象。因此，大多采用表面电阻较小的不锈钢作为微波炉体。为避免意外打火引起设备损坏，在微波干燥设备使用操作规程中明确规定，开机前 清除炉体内的金属物体。投入输送带的物料不能超出输送带承载能力，投入过多物料容易掉落在炉腔内，当水分蒸发完毕后，物料由于过热而燃烧。当发生这种情况时，应立即关闭微波源，然后打开炉门用湿毛巾将火扑灭，并将剩余物清理。
微波是一种不可见的电磁波，大剂量的微波会对人体造成伤害。虽然微波干燥设备已采取多种屏蔽措施，但生产过程中炉门屏蔽网、出口微波 器，难免会有损坏，中草药微波干燥设备炉体、炉门长久受热后会发生变形，密封程度有所减弱，这些因素都会导致微波的泄漏。在生产班组配备小型微波泄漏检测仪，是微波设备安全运行的重要保障。

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