微波杀菌设备是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。一般微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，从而使细菌失去营养，繁殖和生存的条件导致死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，从而影响细胞膜周围电子和离子浓度，导致细胞膜的通透性能发生改变，细菌出现营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受影响而死亡。

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