杀菌是食品生产加工过程中一个非常重要的环节，如不杀菌处理许多微生物能够导致罐头食品的败坏，罐头食品如杀菌不够，残存在罐头内的微生物当条件转变到适于其生长活动时，或由于密封不严而造成微生物重新侵入时，就能造成罐头食品的败坏。通过微波杀菌设备杀菌，可以有效地防止食品不受病虫害及霉菌和细菌等微生物的危害，并破坏食品中的酶，使食品贮藏两年以上而不变质。传统的食品杀菌工艺，是采用蒸、煮、加热的方法，利用传导和对流换热，热源从食品的外表向内部传递进行加热，在一定的温度作用下，使食品中的微生物达到热力致死。随着科技的进步和人们生活及消费水平的提高，对各种食品的总体质量要求越来越高，要求食品不破坏或少破坏营养成分，保持原有的风味。这就对罐头的杀菌工艺及设备提出了新的要求。近年来，国内外研制开发出了一系列微波杀菌设备的新技术。这些技术与传统的巴斯德食品杀菌方法相比，不仅避免使用高温而使食品质量受损害，而且还增强了杀菌效果，提高了食品的质量。我国目前常用的是微波杀菌设备，下面做简单介绍。
    在相同条件下，微波杀菌设备致死温度比传统加热杀菌低，它不仅具有因生物体吸收微波能量而转换的热效应，而且还存在一种非热效应。热效应是指生物体吸收电磁波的能量后，体温升高，从而发生各种生物功能变化。微波作用于食品，食品表面和中心同时吸收微波能，温度升高。
    微波杀菌设备由附有相应电源设备的微波发生器、波导管连接器及处理室三部分组成。该杀菌处理系统能够以食品内极其微小的温度差异，对在连续流动的食品进行快速的加热处理，在处理室内，微波的能量可以均匀地分布于被处理的食品上，加热到72~85℃菌温度时间保持1~8分钟，而后送入隧道至冷却室，在贮藏之前将温度降至15℃以下。微波杀菌设备可以在包装前进行，也可以在包装好后进行。